Айжан Есмағамбетова 1972 жылы Алматы облысында туған.
1997 жылы Алматы мемлекеттік медицина университетін, Қазақстан медицина университетін (Қоғамдық денсаулық сақтау жоғары мектебі), Алматы менеджмент университетін бітірген.
Еңбек жолын 1990 жылы Алматы қаласындағы №7 емхананың фельдшер-зертханашысы лауазымынан бастады.
1997-2004 жылдары Республикалық санитарлық-эпидемиологиялық станцияның аса қауіпті инфекциялар бөлімінің эпидемиолог дәрігері, бактериолог дәрігері, зертхана меңгерушісі болып жұмыс істеді.
2004-2014 жылдары ҚР ДСМ Мемлекеттік санитариялық-эпидемиологиялық қадағалау комитетінің құрылымында әртүрлі лауазымдарды атқарды. 2013 жылы ҚР ДСМ Мемлекеттік санитариялық-эпидемиологиялық қадағалау комитетінің төрағасы болып тағайындалды.
2014 жылы – ҚР Тұтынушылардың құқықтарын қорғау агенттігінің эпидемиологиялық қадағалау департаментінің директоры – Бас мемлекеттік санитарлық дәрігерінің орынбасары.
2014-2017 жылдары – ҚР ҰЭМ Тұтынушылардың құқықтарын қорғау комитетінің эпидемиологиялық қадағалау басқармасының басшысы.
2017 жылы – ҚР ДСМ Стратегиялық даму және қоғамдық денсаулық сақтау департаментінің директоры.
2017-2020 жылдары – ҚР Қоғамдық денсаулық сақтау саясаты департаментінің директоры.
2020 жылы – ҚР ДСМ Тауарлар мен көрсетілетін қызметтердің сапасы мен қауіпсіздігін бақылау комитеті төрағасының орынбасары.
2020 – 2022 жылдары – ҚР ДСМ Санитариялық-эпидемиологиялық бақылау комитетінің төрағасы.
2022-2024 жылдары – ҚР Денсаулық сақтау вице-министрі – ҚР Бас мемлекеттік санитарлық дәрігері.
2024 жылдың тамыз айынан бастап ҚР ДСМ Қоғамдық денсаулық сақтау ұлттық орталығының Басқарма төрағасы болып тағайындалды.