1996-98 ж.ж. үлгісінің медициналық сақтандыру реформасы олқылығының негізгі себебі кірістер жинаудың жеткіліксіз деңгейі болды. Медициналық сақтандыру қорының өз міндеттерін орындауы келесі себептер бойынша мүмкін болмады:
– экономикалық дағдарыс – көптеген кәсіпорындар сақтандыру жарналарын көп қарыздардың болуы салдарынан төлей алмады, сақтандыру төлемдері үшін заттай төлем жүйесі орын алды.
– дара кәсіпкер мен өзін-өзі жұмыспен қамтыған адамдар жарналарды аудармады (халықтың шамамен төрттен бірі);
– жұмыссыздықтың артуы, халықтың белсенді емес бөлігі үшін жарналардың тиісті деңгейін қамтамасыз ете алмаған жергілікті бюджетке түсетін салмақты ұлғайтты;
– қордың медициналық ұйымдар алдында қарызы туындады;
– қордың атына сыбайлас жемқорлық және жиналған қаражатты шашуға қатысты кінә тағылды;
– медициналық қызметтер үшін төлеу өңірлерде түрлі әдістер мен тарифтер бойынша жүргізілді.