— некоммерческий характер деятельности ФСМС;
— целевой характер отчислений и взносов и их безвозвратность;
— обеспечение полноты поступлений активов ФСМС;
— оценка финансовой деятельности ФСМС;
— аудит и отчетность;
— раздельный учет по собственным средствам ФСМС, а также его активам (взносы, пени, инвестиционный доход);
— исключительное использование активов ФСМС для оплаты услуг поставщиков медицинских услуг, а также для размещения их в определенные финансовые инструменты;
— прозрачная инвестиционная политика, основанная на размещении активов исключительно в финансовые инструменты, определенные Правительством, и управляемая Национальным Банком Республики Казахстан;
— запрет на обращение взыскания на активы ФСМС со стороны каких-либо лиц;
— формирование обязательств строго в соответствии с доходами ФСМС, основанными на результатах актуарного анализа ожидаемых затрат;
формирование резервов для покрытия непредвиденных расходов.